妙願寺は、初代津山藩主森忠政の母、妙向尼によって、天正年中(1573〜91)美濃金山に建立されました。その後、忠政の美作入封に際して行動を共にし、元和3年(1617)に現在地に移っており、森家に非常にゆかりの深い寺院です。その時に建築された庫裏及び客殿は津山市指定重要文化財です。
妙向尼は元亀9年（1570年）に始まった織田信長と石山本願寺との争い（石山戦争）の和睦成立に奔走し、本願寺の危機を救った人物として有名です。
元和7年（1617年）には本願寺12代宗主准如上人より妙願寺2代紹向に「妙向尼画像」が贈られており、本願寺が妙向尼を非常に重視していたことがわかります。「妙向尼画像 附 妙高尼消息」は現在岡山県重要文化財として指定されています。
このほかにも津山市指定重要文化財「森忠政書簡」や「板戸障壁画」など様々な文化財が残されています。